16 rDNA 염기 서열을 이용하여 설계한 PCR 프라이머에 의한 Prevotella intermedia 및 Prevotella nigrescens의 동시 검출
Simultaneous detection of Prevotella intermedia and Prevotella nigrescens by 16S rDNA-directed multiplex PCR
소속 상세정보
Seong, Jin-Hyo/성진효
Kim, Dong-Kie/Shin, Kwang Yong/Kim, Byung-Ock/Kim, Myong-Soo/Kim, Mi-Kwang/Kook, Joong-Ki/김동기/신광용/김병옥/김명수/김미광/국중기
KMID : 0355420020260040523
Abstract
본 연구는 치주질환과 관련된 병원성 세균 중 그람 음성 혐기성 세균 종인 Prevotella intermedia (p.intermedia)와 Prevotella nigrescens(P. nigrcscens)를 동시에 동정 및 검출할 수 있는 중합효소연쇄반응 프라이머를 개발하기 위하여 시행하였다. 모든 세균 종에 있어서 16S라이보솜 RNA의 염기서열에는 잘보존된 부위와 종에 따라 다양한 부위가 있다. 이러한 특성을 이용하여 p.nigrescens와 p. intermedia의 알려진 16S라이보솜 RNA의 염기서열을 분석하여 두 세균 종에 공동으로 존재하는 하나의 프라이머와 각각의 세균 종에 특이하게 존재하는 다른 프라이머를 설계 및 제작하였으며, 이때 설계된 프라이머의 이름을 각각 Pin-F, Pi-R 및 Pn-R이라고 명명하였다. 이들의 종 특이성을 조사하기 위해 두 균주의 p. intermcdia와 한 균주의 p. nigrescens지놈 DNA를 추출하여, 종 특이성을 중합효소연쇄반응법으로 관찰하였다. 이때 구강 내 6가지 다른 세균 종에서 같은 방법으로 종합효소연쇄반응을 실시한 결과 P. nigrescens와 P. intermedia 두 종만을 특이하게 검출함을 알 수 있었다. 또한 민감도를 조사하기 위해 두 세균 종에서 추출한 지놈 DNA를 4 ng에서 4fg까지 희석하여 중합효소연쇄반응을 실시한 결과 400 fg의 지놈 DNA까지도 검출할 수 있었다. 이러한 결과를 종합할 때 이들 Pin-F, Pi-R 및 Pn-R프라이머 쌍은 p. intermedia와 P, nigrescens를 동시에 종 특이적이며, 민감도 높게 검출 및 동정할 수 있을 것으로 사료된다.
키워드
16S rDNA-directed multiplex;Prevotella intermedia;Prevotella nigrescens
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